Las EFS pueden categorizarse conforme a diversos criterios, entre ellos sus mandatos y facultades, la rama del gobierno a la que rinden cuentas y su estructura organizativa. En la literatura se suele distinguir entre dos modelos principales de EFS: el modelo legislativo y el modelo jurisdiccional, además del modelo de consejo de administración, que a menudo se considera una variante de los otros dos (Tabla A B.1).
Independientemente del modelo, las competencias y la estructura de las EFS suelen reflejar un esfuerzo por dar respuesta a las prioridades institucionales que existían al momento de su creación. Estas prioridades suelen incluir consideraciones implícitas sobre el equilibrio de poderes entre las ramas del gobierno, la rendición de cuentas de los funcionarios públicos y el grado en que las funciones de fiscalización y jurisdiccionales deben fragmentarse o consolidarse institucionalmente.